Diatom metabarcoding protocols

Since 2010, the UMR Carrtel has been developing an automated method based on high-throughput DNA sequencing of environmental samples: metabarcoding. The identification of diatom DNA sequences is performed using bioinformatics. This method combines accuracy, consistency, and speed while reducing costs. Several scientific publications describe this method. On this page, you will find protocols and educational resources related to this method. 

Protocols

• Ready-to-use protocols are available. Before downloading them, you must fill out the following form. This will allow us to contact you if updates are published: https://forms.gle/KV3gUJ97UZhLszaH8
• Protocols can be downloaded here: https://doi.org/10.15454/FNP1CR
• We also recommend that you submit your sequencing data according to this protocol: https://doi.org/10.15454/PIADUY. Your data will help scientists improve the method.

Teaching ressources

• Teaching ressources, particularily for mentors, are avalable here: https://doi.org/10.15454/IFHHEM

Citations: 

• Teofana CHONOVA, Agnès BOUCHEZ, Frédéric RIMET, 2021. Projet Diat ADN Transfert. Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques. Livrable : Protocoles pour l'analyse des diatomées par métabarcoding. UMR Carrtel, INRAE, projet Institut Carnot E&E. https://doi.org/10.15454/FNP1CR
• Teofana CHONOVA, Agnès BOUCHEZ, Frédéric RIMET, 2021. Projet Diat ADN Transfert. Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques. Livrable : Protocole de dépôt en open-access des données de séquençage sur la plateforme data.inrae.fr. UMR Carrtel, INRAE, projet Institut Carnot E&E. doi : https://doi.org/10.15454/PIADUY
• Teofana CHONOVA, Agnès BOUCHEZ, Frédéric RIMET, 2021. Projet Diat ADN Transfert. Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques. Livrable : Outils pédagogiques pour la formation à l’analyse des diatomées par métabarcoding. UMR Carrtel, INRAE, projet Institut Carnot E&E. https://doi.org/10.15454/IFHHEM
• Chardon, Cécile; Lacroix, Sonia; Vasselon, Valentin, 2022, "Wetlab decision support tool to optimise the PCR amplification of rbcL barcode in diatom DNA metabarcoding", https://doi.org/10.57745/EFVOW5, Recherche Data Gouv, V1