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L’UMR Carrtel développe depuis 2010 une méthode automatisée basée sur du séquençage ADN haut débit d’échantillons environnementaux : le métabarcoding. L’identification des séquences d’ADN de diatomées est réalisée par bio-informatique. Cette méthode allie précision, régularité, vitesse et réduit les couts. Plusieurs publications scientifiques décrivent cette méthode. Sur cette page vous trouverez des protocoles et des outils pédagogiques concernant cette méthode. 

Protocoles

• Des protocoles prêts à l'emploi sont disponibles. Avant de les télécharger, vous devez renseigner le formulaire suivant. Il permettra par exemple de vous recontacter si des mises à jours sont publiées : https://forms.gle/KV3gUJ97UZhLszaH8
• Les protocoles sont téléchargeables ici : https://doi.org/10.15454/FNP1CR
• Nous vous recommandons également de déposer vos données de séquençage selon ce protocole : https://doi.org/10.15454/PIADUY. Vos données permettront aux scientifiques d'améliorer la méthode.

Outils pédagogiques

• Des outils pédagogiques, notamment à destination des tuteurs sont disponibles ici : https://doi.org/10.15454/IFHHEM

Citations : 

• Teofana CHONOVA, Agnès BOUCHEZ, Frédéric RIMET, 2021. Projet Diat ADN Transfert. Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques. Livrable : Protocoles pour l'analyse des diatomées par métabarcoding. UMR Carrtel, INRAE, projet Institut Carnot E&E. https://doi.org/10.15454/FNP1CR
• Teofana CHONOVA, Agnès BOUCHEZ, Frédéric RIMET, 2021. Projet Diat ADN Transfert. Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques. Livrable : Protocole de dépôt en open-access des données de séquençage sur la plateforme data.inrae.fr. UMR Carrtel, INRAE, projet Institut Carnot E&E. doi : https://doi.org/10.15454/PIADUY
• Teofana CHONOVA, Agnès BOUCHEZ, Frédéric RIMET, 2021. Projet Diat ADN Transfert. Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques. Livrable : Outils pédagogiques pour la formation à l’analyse des diatomées par métabarcoding. UMR Carrtel, INRAE, projet Institut Carnot E&E. https://doi.org/10.15454/IFHHEM
• Chardon, Cécile; Lacroix, Sonia; Vasselon, Valentin, 2022, "Wetlab decision support tool to optimise the PCR amplification of rbcL barcode in diatom DNA metabarcoding", https://doi.org/10.57745/EFVOW5, Recherche Data Gouv, V1